Akademické orgány
Fakultu řídí samosprávné orgány v čele s děkanem. Dalšími samosprávnými akademickými orgány jsou Akademický senát, Vědecká rada a Disciplinární komise.
Děkanát
Nejvyšším bodem organizační struktury je děkanát, který se člení na úseky kancelář děkana a kancelář tajemníka. Má na starosti zajištění fungování fakulty po administrativní, hospodářské, provozní a personální stránce.
Proděkanáty
Na fakultě máme celkem pět proděkanů, které jmenuje děkan a jsou oprávněni v určitém úseku činnosti jednat jménem fakulty. Pod jejich úseky – proděkanáty – spadají administrativní pracoviště orientující se na konkrétní oblast. Mezi ně patří také PR oddělení, které úspěšně pracuje na šíření dobrého jména školy mezi odbornou i laickou veřejnost.
Servisní pracoviště
I fakulta informatiky, kde je vysoká koncentrace IT odborníků, má vlastní oddělení, které se věnuje informačním a komunikačním technologiím. Úkolem servisního pracoviště je zajistit podporu pedagogické a vědecko-výzkumné činnosti fakulty.
Katedry
Katedry zajišťují výuku a náplň jednotlivých studijních specializací. Kromě toho se zabývají také vědeckou činností, do které se mohou zapojit i studenti. Sledují nejnovější trendy, vydávají publikace a připravují studijní materiály.
Výzkumné pracoviště
Tady se odehrává tvůrčí vědecko-výzkumná a vývojová činnost. Kromě mimořádně nadaných akademických a vědeckých pracovníků tu pracují také další odborníci, kteří se starají o administrativní a technický provoz pracoviště.
Výzkumné skupiny
Do výzkumných skupin, které se snaží posouvat hranice IT se mohou připojit i studenti v jakékoliv fázi studia. Stačí si vybrat oblast, která vás zajímá.
Laboratoře
Úzce specializované a zároveň moderně vybavené laboratoře slouží jak pro vědecké účely, tak také v rámci výuky. Studenti si tak mají možnost vše prakticky vyzkoušet.
Rady studijních programů
Rady studijních programů jsou odborným, kontrolním a hodnotícím orgánem studia v příslušných programech. Takzvané Rady studijních programů (RSP) jmenuje děkan pro bakalářský a magisterský program. Pro doktorský studijní program ustanovuje Oborovou radu doktorského studijního programu.